Troisième road trip

Pour notre troisième road trip, direction Zion National Parc au sud de l'Utah à un peu plus de 300 miles (500km) de Salt Lake, soit 5h de route.

Vendredi apres midi on est allé ecouter une conférence d'un Francais de l'INRIA en début d'aprem et ensuite on est parti. Petit passage par chez moi pour prendre mes affaires, puis par chez Bastien pour prendre ses affaires et son coloc Erick qui vient aussi avec nous. Erick est péruvien et vit aux US depuis pas mal de temps et il vient d'obtenir son diplome d'ingenieur en électronique et informatique.

Ensuite, étape fondamentale aller faire des courses et prendre de l'essence.

Avec tout ca on a quitté Salt Lake vers 17h. 

Malheureusement sur la route il y eu du monde près de Provo (alias MormonLand) donc ca a sérieusement ralenti surtout que la 5 voies était en travaux et réduite a 2...

Apres ca, on a bien roulé et on est arrivé vers 21h30 dans la ville d'Hurricane,Utah où était notre hotel. On a posé les affaires et on est allé rejoindre une autre partie du groupe au Wendys pour diner.

Hurricane, Utah

Wendy's

Apres on est retourné à l'hotel attendre la derniere partie du groupe partie plus tard de Salt Lake. 

On s'est ensuite installé dans la chambre, et c'etait assez marrant, on était 7 dans une chambre de 4. Donc on a fait des roulements, 3 ont dormi par terre en mode camping la première nuit et on a swiché la seconde nuit.

Le lendemain matin reveil vers 7h, petit dej et direction Zion.

Arrivée à Zion

la rivière au milieu du canyon

Au programme de la journee, remonter la rivière qui coule dans dans le canyon.

Zion est un canyon au milieu du désert dans lequel coule une rivière autour de laquelle il y a une petite vallee toute verte.

Bastien et moi arrivant à Zion

Visitor center

Petit point sur la météo, alors on est arrive à Zion il était 9h il faisait pas super chaud car le soleil était derrière les montagnes et il y avait du vent d’où la veste sur la photo, mais après ca c'est largement réchauffé car ne l'oublions pas, on était au milieu du désert.

Une tarentule sur le chemin

Un gros écureuil plus joli que l'arraignée

tout le groupe

Début des Narrows

partie large des Narrows

Une partie du groupe

Pour ce qui est de la temperature de la rivière au debut ça été tricky car l'eau était annoncée à 55F soit une petite douzaine de degrés ce qui est pas super chaud...

Mais bon c'est l'aventure donc on y est allé.

Apres quelques minutes, les pieds et les mollets se sont habitués et ca a été bon. 

Il y eu un passage ou il a fallut enlever nos T shirts et porter nos sacs sur la tête car l'eau était assez haute (mi ventre pour moi) donc ca a été un peu plus dur surtout pour les filles de plus petite taille qui en ont eu quasiment jusqu'au coup.

On a continué à remonter tranquilement la rivière en profitant du paysage, on a pique niqué dans un coin au sec et on a repris la remontée.

Il faut savoir que pour pouvoir descendre les Narrows ou remonter au dela d'un certains point, il faut pas loin d'une dizaine ou douzaine d'heures donc ca se fait généralement sur 2 jours et surtout il faut un permis. Il sont limités ce qui permet de reguler un peu le nombre de personnes et d'assurer une promenade relativement agréable sans être entouré de dizaines de personnes dans les parties les plus etroites.

Au bout d'un moment on a décidé de s'arrêter et de repartir tranquilement vers le point de depart.

On est retourné tranquilement a la voiture se changer et on a repris la route de l'hotel. Sur la route on s'est arreté dans une pommeraie pour manger des pommes...

le gouter...

Arrivé en ville on est allé manger au Wendys encore une fois ^^ et on a acheté deux trois trucs pour le soir (de la bière...)

On a ensuite passé la soiree dans le hot tub (jaccuzi) et la piscine de l'hotel. C'etait bien sympa. 

Puis on est remonté dans la chambre finir la soirée.

Dimanche matin, reveil a 6h30 pour faire la randonnée tôt et surtout car Hesam devait prendre un avion à 20h à SLC donc il fallait pas partir trop tard.

Objectif du jour : Angel's landing... Le sommet de Zion

On a donc pris plus ou moins tranquilement la route du sommet. 

y'avait pas mal de monde, et certaines parties étaient plus techniques et tenaient plus de l'escalade que de la randonnée. 

Il y avait même des passages sur de petites cordillères très étroites avec plusieurs dizaines de metres de vide des deux cotés... Faut pas avoir le vertige...

Mais bon c'est l'aventure donc on a escaladé tout ca et on est arrivé sans encombres au sommet. On en a profité pour manger en compagnie de dizaines de squirrels (écureuils) et on a pu profiter de la vue extraordinaire sur la vallée de Zion.

On est redescendu tranquilement et on a pris la route de Salt Lake. 

Sur la route on s'est arrêté dans un bled pour boire un café. Dans ce genre de petites villes du sud de l'Utah, c'est pas mal mormon donc quasiment tout est fermé le dimanche donc ca ressemble un peu a une ville fantome.

On est arrive a Salt Lake vers 20h30. 

Voila pour le trip à Zion...

Petite semaine avant Zion

Samedi soir, c'était barbecue chez Bastien, c'était super sympa, y'avait pas mal de monde et on a pas mal discuté. J'ai rencontré le père d'une de ses colocs qui est suisse. Et son père est guide de haute montagne et il est venu s'installer dans les Rocky Mountains, donc c'était bien sympa il nous a raconté les trips fantastiques qu'il a eu l'occasion de faire comme gravir l’Everest jusqu'au sommet ou aller grimper des montagnes en antarctique. C'était donc une bonne petite soirée.

Dimanche matin grasse matinée, et en début d'aprem je suis allé faire du sport avec un de mes colocs américain. Ca nous a occupé une bonne partie de l'aprem, on est revenu manger à la maison et on a joué aux échecs ensemble. J'ai ensuite fait un peu de rangement dans ma chambre et puis je suis reparti à la bibliothèque avec un autre de mes colocs que j'aide à se servir de word et d'excel. Car oui aux US ils ont des cours spéciaux consacrés à apprendre à faire de la mise en page de documents et de tableaux. Donc ca me fait bien rire de voir ce qu'on leur demande de faire. 

Le soir on a cuisiné rapidement un diner et on a regardé un film. 

Lundi, j'ai poursuivi mon travail sur les cerveaux, et j'ai commencé à m'intéresser aux fibres à l’intérieur du cerveau. A midi, il y avait un talk (une conférence) que je suis allé écouter.

C'est assez intéressant et varié, certaines fois ce sont des professionnels ou chercheurs de l'extérieur qui viennent présenter leur travaux et d'autres ce sont des étudiants ou chercheurs du labo qui présentent ce qu'ils font. Donc oui mon tour va venir et dans quelques temps je devrai présenter mes recherches devant les autres membres du labo.

Cette fois ci c'était un chercheur qui expliquait comment améliorer la détection de certaines cellules dans des images de microscopie électronique. 

La dernière fois on a eu un gars d'une entreprise qui fabrique les caméras pour les Google-car (les voitures qui sillonnent les villes et prennent des photos pour streetview) et ils nous a présenté les techniques mises en œuvre au niveau des capteurs CCD (capteur de l'appareil photo numérique) pour éviter certaines déformations. Et bien évidement on a abordé les problèmes liés aux images que l'on récupère et aux images prises pendant que la voiture est en mouvement.

Ces talks sont aussi le moyen de voir les gens qui travaillent sur des sujets similaire et d'échanger un peu.

Donc c'est très intéressant. 

Ca se fait à l'américaine donc ça s'appelle un Image Lunch donc on mange pendant la présentation. Ce que je n'aime pas trop car je trouve pas çà forcement top pour le mec qui parle de voir des gens manger en face de lui, mais bon c'est un détail je m'y ferrai surement à l'avenir.

Le soir on est allé jouer au frisbee et on a enchainé, avec Bastien, par une séance de musculation.

Quand je suis rentré chez moi j'ai mangé avec mes colocs et j'ai découvert deux trois trucs de gastronomie japonaise amené par la copine de mon coloc coréen. 

Donc c'était bien sympa comme soirée.

Mardi, journée tranquille, boulot toute la journée, on a parlé organisation du trip à Zion avec Bastien, car apparemment il y a eu quelques problèmes d'organisation. On devait partir à 10 donc faire deux voitures de 5 et prendre deux chambres d'hotel, mais les plans ont changé on s'est retrouvé 11 puis 12. Donc maintenant avec Bastien, et son coloc péruvien on va aller camper ce qui sera surement plus fun que l'hotel et pour le coup ce sera encore plus l'aventure.
 Le soir comme toujours sport, donc en rentrant j'ai trainé un peu sur mon ordi. J'ai discuté un peu avec mes colocs qui veulent changer de provider d'acces internet car celui qu'on a bride notre débit. Donc mon avis sur les télécoms aux US ; ils ont beau être en avance sur pleins de trucs, être très bon la dedans, les services qu'ils offrent aux clients sont minables et à des prix fous comparé à ce qu'on connait en Europe grâce à FREE! Car oui aujourd'hui vous n'imagineriez pas payer 50euros par mois pour une simple connexion internet à 12Mega. Car oui en France on a la chance d'avoir du triple play à 30euros...  avec des débits bien meilleurs et non bridés... Ah oui et nous en France on a du vrai fromage au passage ;-)
Et j'ai fini la soirée en regardant une émission française que j'aime bien et que je peux arriver à streamer.

Mercredi, même programme que mardi, journée tranquille et sport le soir.
Idem pour jeudi, sauf que je suis allé me faire couper les cheveux. Je suis allé dans le barber shop du campus, c'était cool, ambiance retro années 80.

le coiffeur de la fac

Mais bon une bonne coupe ca fait du bien et puis pour 6$ c'est vraiment super et en plus c'est pas loin.

Voila je vais pas tarder a partir pour Zion National Parc. On va aller ecouter un chercheur de l'INRIA (c'est en France !) qui vient à Salt Lake presenter son travail et ensuite on prendra la route. Il y en a pour 300 miles de descente vers le sud donc en gros 5 bonnes heures.

Passez un bon week end...

Photos

Cette semaine a été une semaine normale, boulot et sport ont constitué l'essentiel de ma semaine, les soirées je les ai passées avec mes colocs à discuter, jouer ou faire de drôles d'expériences scientifiques.

On s'est amusé à réaliser du plasma et on a joué avec l'effet leidenfrost qui est un phénomène sympa et facile à observer.

Jeudi matin je suis allé donner mon sang pour participer à un programme de recherche sur la génétique humaine donc j'ai pu monter voir les locaux de l'université de médecine.

 

Comme je ne vous ai toujours pas montré la où je vis j'ai pris quelques photos pour satisfaire votre curiosité et vous montrer ma maison aux US.

1200 East la rue où j'habite

La maison que l'on distingue derrière les arbres

Le salon

La cuisine / salle a manger

Le sous sol où il y a la tv ou on joue aux jeux vidéos et où on regarde des films

Voila maintenant ma chambre, j'ai la plus grande de la maison, avec un dressing et un grand bureau ou je ne travaille pour le moment pas !! Ca manque cruellement de décorations mais je n'ai pas encore eu le temps de m'occuper de cet aspect et comme je n'y passe pas beaucoup de temps ça ne me dérange pas trop, mais je m'en occuperai cet hiver...

Ma chambre, le bureau et l'étagère et on aperçoit derrière le dressing

mon lit

Vue depuis la fenêtre.

Voici maintenant quelques photos du barbecue qui avait eu lieu dans la maison pour le labour day

3 de mes colocs de g à d : Omar le saoudien, Vitor le brésilien et Lynn un des deux américains

Feux d'artifice pour la fin de la partie de croquet

Un super dessert trop bon

Pour le dessert ci dessus, c'est super facile à faire et c'est super bon.

Ca se fait avec les mains...

Il faut tout d'abord broyer des oreos en tout petits morceaux, ensuite on mélange la pâte obtenue avec du cream cheese nature et on essaye d'avoir une pâte assez homogène.

On prend un plat, on met un peu d'huile au fond, et on fait des petites boules avec la pâte que l'on dispose dans le plat. On recouvre le tout de chocolat fondu et on met au frigo pendant une bonne heure voir plus le temps que ca soit bien dur. Et normalement après c'est top !

J'ai mis à jour les autres pages du blog avec des photos que j'ai pu prendre aujourd'hui n'hésitez pas à regarder.

complément

Voila une petite illustration de ce que je vous disais hier sur le travail que je fais en ce moment.

Voici un exemple d'un IRM d'un bébé qui a bougé pendant l'acquisition.

On voit très clairement que la première image est tordue.

La seconde image est le résultat d'une transformation rigide de l'image à l'aide de matrices de transformation (matrice de rotation et de translation) pour lui donner l'orientation correcte que l'on souhaite.

Enfin on applique une autre matrice de transformation affine (skewing/zoom) pour modifier la taille du cerveau et lui faire avoir la dimension du modèle choisi comme cible.

de g a d : image source, image reorientee et image redimensionnee

Ainsi, on obtient toutes les images avec la même orientation, plus ou moins la même taille et on peut ensuite réaliser d'autres opérations de manière globale.

La qualité des résultats est diminuée pour gagner du temps en calcul. Mais ca permet neanmoins de voir ce qui se passe.

C'est comme en cuisine, on lave tous les legumes avant de commencer à cuisiner. Ben la je fais la même chose, je prétraitre toutes mes images avant de commencer à les exploiter.

Ensuite on peut realiser des traitements sur les tenseurs : voici une reprensentation d'un tenseur associé à une image :

tenseur complet en vue anterieure

tranche de tenseur en vue superieure

tranche de tenseur en vue droite

tranche de tenseur en vue posterieur

Ces images sont obtenues grace à des operations mathématiques liées aux valeurs propres et aux vecteurs propres des tenseurs. 

Grace à ces tenseurs, on peut obtenir des images de diffusion de l'eau dans le cerveau et en particulier dans la matiere blanche :

Images de diffusion

La premiere image est le résultat d'un calcul sur les valeurs propres du tenseur et la seconde est liée a la Hessienne (dérivée seconde) du tenseur.

news directes

Bonjour à tous!

J'espère que vous allez tous bien, car je sais que vous êtes nombreux à suivre ce blog pour avoir de mes nouvelles ce qui me fait bien plaisir.

Je voulais juste vous dire que je commence un peu à construire une petite routine en semaine donc je n'ai pas eu beaucoup de temps pour rédiger des articles ces derniers temps. Je ferai en sorte de mettre quelques news un peu plus souvent.

Bonne journée à tous et à bientôt

Labour Day Week end et suite

Ce week end c'était le Labour Day week end, c'est un peu comme le premier mai chez nous, c'est un week end ou en théorie les gens ne travaillent pas, mais bon c'est les US, on arrête pas le business donc y'en a qui travaillaient.

Initialement on devait partir en Arizona dans le parc du Grand Canyon, mais on s'est retrouvé peu nombreux et ca ne valait plus vraiment la peine d'y aller.

J'ai donc passe mon week end avec mes collocs pour qu'on fasse plus connaissance.

Vendredi soir on est descendu au supermarché en centre ville vers 22h et on est revenu a la maison vers 23h avec le dernier train.

Une rame du Trax

SLC est une ville tres tranquille, de jour comme de nuit, peu de monde dans les rues, déjà car ils ont tous des voitures et en plus car c'etait un peu tard.

On a ensuite regardé un film bresilien pour découvrir un peu la culture d'un des collocs qui habite Rio.

On s'est couché un peu tard donc le lendemain on a tous fait une bonne grasse matinée.

L'après midi je suis allé faire un peu de sport car comme mes colocs ont des cours ils ont du travail. Le system universitaire Americain est assez différent de chez nous, ils ne font pas que venir écouter un cours dans un amphi, ils doivent préparer des choses avant d'assister au cours et ils ont des devoirs a faire entre chaque cours.

Le soir on a tenté un peu de bricoler des trucs avec la tv et je suis arrivé à connecter mon ordi dessus, ce qui donne la possibilité d'utiliser un compte Netflix et de regarder des films. Netflix est un site de VOD (Video On demand) disponible aux US. On en a donc profité pour regarder un film et deux trois series.

Le dimanche un peu le même programme que le samedi, on a trainé à la maison entre colocs, puis on est allé se promener dans les alentours et on est retourné un peu à la salle de sport. Grosse soirée film avec pizzas et M&Ms le soir... 

Lundi, c'est le Labour Day, c'est un peu leur premier mai à eux mais en septembre... Donc c'est ferié et la pour le coup personne ne travaille, donc quasiment tout est fermé, pas de transports en commun et pas grand choses à faire. 

On a commencé la journée par un bon brunch en fin de matinée.

L'après midi je suis allé visiter la bibliothèque universitaire qui était ouverte et ou un de mes coloc devait aller pour scanner des documents et travailler un peu.

Bibliothèque de l'université

C'est un super endroit pour étudier, y'a beaucoup de place pour les étudiants, beaucoup de matériel mis à disposition et une énorme collection d'ouvrages...

On y est resté quelques heures avant de retourner tranquillement à la maison pour faire une soirée barbecue.

On a donc cuisiné des hamburgers, des hots dogs, des salades de tomates et divers autres trucs.

Une des amie d'un de mes coloc est venue avec de quoi cuisiner un dessert chocolaté c'était super bon, on s'est bien amusé à le faire s'était super marrant. C'est à base d'Oreos, de creamcheese et de chocolat et c'est très facile à faire. J'en ferrai peut être à noël si je trouve du cream cheese en France.

On a ensuite fait une partie de croquet dans le jardin, on s'est bien amusé et on a passé une super soirée.
On était une petite dizaine y'avait des filles donc c'était bien marrant ca changeait des mecs de la maison.

J'ai fait des photos avec l'appareil d'un de mes colocs il faut que je les récupère. Je les partagerai quand je les aurai.

La semaine a repris et j'ai vraiment commencé a travailler sur mon projet. Je vais donc vous présenter rapidement ce sur quoi je travaille car c'est ce qui a bien occupé ma semaine.

La première partie de ce projet consiste à traiter des images d'IRM réalisées sur des bébés de 6 mois, 1 an et 2 ans. Il y environ une grosse 50aine cas pour lesquels on possède les trois images.

Et comme je vais travailler sur la détection de l'autisme chez les bébés, c'est sur ces données que je vais travailler.

Pour le moment je ne sais pas quels bébés ont montré des signes d'autisme ou pas, je vais construire des images que je vais analyser pour détecter d'éventuels signes et voir si ces signes sont concluants et correspondent avec les faits.

Il faut donc isoler le cerveau du bébé en lui appliquant un masque qui permettra d'enlever la boite crânienne et les yeux.

Comme il s'agit de bébés, ils sont endormis lorsqu'ils passent l'IRM pour faire en sorte qu'ils bougent le moins possible. Malheureusement beaucoup bougent et il y a donc pas mal d'images qui sont tordues et/ou non centrées.

Pour cela, on va donc opérer une modification de l'image permettant grâce à des opérations mathématiques de recentrer l'image et de lui donner une forme proche de ce qu'on aurai du obtenir si le bébé n'avait pas bougé. Cela passe donc par la recherche d'un bon cas, c'est à dire d'une bonne image que l'on va projeter sur un modèle pour créer une référence.

Cette référence servira donc de cible à tous les autres cas, que l'on va transformer pour qu'ils aient les mêmes propriétés que cette cible.

On obtient donc un ensemble d'images qui sont toutes de forme similaire et qui possèdent une orientation et des caractéristiques communes. Et que l'on va pouvoir analyser de manière globale.

Je ferai un petit article la semaine prochaine avec des images pour vous montrer un peu ce que ca donne.

Comment on peut arriver à transformer des images.

C'est ce qui m'a occupé cette semaine. En plus, Sylvain notre tuteur était parti en conférence à Chicago donc avec Bastien on a du se débrouiller par nous même pour solutionner les très nombreux problèmes auxquels on a pu être confronté. 

Vendredi, quand Sylvain est revenu, on a fait un petit bilan de ce qu'on avait fait, et il nous a aidé à débloquer certaines choses. Car on est pas forcement encore tout à fait au point avec les différents programmes et les différentes techniques utilisées.

On a encore la chance qu'il fasse beau et chaud à SLC donc on profite pas mal de nos pause de midi pour manger dans des petits parcs sur le campus ce qui est super agréable. On mange avec pleins de gens, quelques francais et des gens des départements de météorologie, géologie et informatique de l'université donc c'est toujours bien sympa.

La cuisine française nous manque un peu à Bastien et moi... 

Je mange pas très équilibré mais comme je fais pas mal de sport tout se passe bien pour le moment.

On est en train d'organiser un week end dans le désert pour fin septembre donc vous aurez de nouvelles photos fin septembre.